Jest autorem ponad 200 partytur do sztuk teatralnych i filmów. Współpracował z większością teatrów w Polsce i wieloma prestiżowymi scenami w Europie. Debiutował w krakowskim Teatrze STU muzyką do spektaklu "Pacjenci" wg "Mistrza i Małgorzaty" M. Bułhakowa.

W 1979 roku skomponował muzykę do spektaklu "De Blijde Intrede van Christus in Brussel" wystawionego w Królewskim Teatrze Flamandzkim w Brukseli z okazji 1000-lecia miasta Brukseli.

Od 1984 do 1990 roku był kierownikiem muzycznym w warszawskim Teatrze Ateneum.

W 1991 roku skomponował muzykę do swojego pierwszego musicalu ,,METRO’’ (scenariusz i piosenki: Agata i Maryna Miklaszewskie; adaptacja, reżyseria i choreografia: Janusz Józefowicz). Muzyka do musicalu była nominowana do broadwayowskiej Tony Award. Do tej pory wystawiono 2000 spektakli musicalu „Metro”.

Jest pionierem polskiego musicalu: ,,Piotruś Pan’’ libretto Jeremi Przybora (2000r.), ,,Romeo i Julia" wg Shakespeare’a (2004r.); ,,Panna Tutli Putli’’ Witkacego (2004r.), „Polita” libretto Agata Miklaszewska (2011r.)

W 2003 r. film ,,Nicolas Winton - The Power of Good” z muzyką J. Stokłosy, otrzymał Emmy Award.

Od 1990 do 2005 roku Janusz Stokłosa komponował muzykę dla czołowych niemieckojęzycznych teatrów m.in.: Schaubühne, Volksbühne, Berliner Ensemble w Berlinie czy Burgtheater w Wiedniu.

W 2010 wraz z córką Marią (choreograf i reżyser) na zamówienie Narodowego Instytutu Fryderyka Chopina, stworzyli projekt pod nazwą ,,Let’s dance Chopin” - sonatę na orkiestrę symfoniczną, kwintet jazzowy i 12 tancerzy na motywach Sonaty h-moll op. 58 F. Chopina. Premiera miała miejsce 18 maja 2010 roku w Szanghaju i inaugurowała Polski Dzień na EXPO 2010.

W 1992 roku powołał Studio Buffo Sp. z o.o. i Wydawnictwa Muzyczne i Nutowe Stokłosa Editions.

Posiada licencję pilota zawodowego.